Eli Whitney est né à Westborough, au Massachusetts le 8 décembre, 1765. A l'âge de 12 ans il fabrique un violon.
Dans une petite cabane éclairée par le soleil à travers une fenêtre rouillée, un jeune garçon démontait la montre de son père. sa famille était allée à l'église le laissant à la maison car il prétendait être trop malade pour se rendre à l'église. Les parents du petit garçon n'avaient aucune idée que leur fils avait démonté la montre pour voir comment elle marchait et après l'avoir sérieusement examinée, il l'a remontée de telle façon qu'elle marche aussi bien qu'avant. Ils n'avaient pas non plus idée que le plus âgé de leur fils deviendrait un des plus célèbres inventeurs Américains - Eli Whitney.
Eli Whitney était né pour être bricoleur. Il passa beaucoup de temps de son enfance avec des outils dans l'atelier de son père, qui servait à fabriquer et à réparer des meubles. Mais pour Eli la vie passait trop vite. 
Eli Whitney avait déjà commencé de travailler quand la Guerre Révolutionnaire commença. Il vendait des clous. Son travail fonctionnait bien, cependant, Whitney commença un autre travail à la fin de la Guerre Révolutionnaire, vendre des épingles à chapeaux et des cannes pour hommes.
A 19 ans Eli décida d'aller au collège. Plus jeune il n'avait pas suivi de scolarité. Aussi, il essaya de passer l'examen pour entrer à Yale College. Son emploi du temps était très studieux. et finalement il sera diplômé de l'Université de Yale en 1792 avec l'intention de devenir avocat.
Après son diplôme, il avait besoin d'argent très rapidement car il avait dépensé toutes ses économies pour sa scolarité. Il y avait un poste vacant de tuteur en Caroline du Sud. Il ne voulait pas aller en Caroline du Sud car il pensait que cela risquait de lui porter malheur. mais il n'avait pas le choix. Sur ces entrefaits, il contracta une mauvaise maladie: la variole.
Alors qu'il se rendait en Caroline du Sud, il rencontra une dame appelée Madame Catherine Greene. Elle était la femme du général de la Guerre Révolutionnaire, Nathaniel Greene. Madame Greene lui demanda s'il voulait visiter son immense propriété appelée Mulberry Grove. Whitney accepta l'invitation. En se rendant dans la propriété de Madame Greene, il décida de ne pas se rendre en Caroline du Sud. A Mulberry Grove, les planteurs de coton lui racontèrent chacun leurs problèmes avec le coton. Seules les graines vertes ("green seed") originaires d'Amérique du Sud poussaient correctement. Il était très difficile de nettoyer le coton. Bien que ce soit un travail difficile, beaucoup de fermiers devaient leur survie à ce travail car ils parvenaient à le vendre pour la fabrique de vêtements. Les planteurs de coton dirent à Whitney qu'une machine qui parviendrait à nettoyer les graines de coton serait un miracle. C'est à cette époque que Catherine Greene suggéra à Eli d'inventer une machine qui serait capable de nettoyer plus efficacement les boules de coton. Jusqu'à ce moment de sa vie, Eli Whitney n'avait jamais vu une capsule de coton. Eli Whitney pensa qu'il pourrait aider ces fermiers et en même temps gagner de l'argent, aussi il était décider à travailler sur une machine à nettoyer le coton.
Invention de la machine à égrener
Le nettoyage du coton était une tâche pénible et longue. 
Il s'agissait de proposer une égreneuse capable de séparer la graine du coton de sa fibre. C'est pour cette raison, que des centaines d'esclaves étaient nécessaire dans chaque plantation. Bien que des tentatives précédentes aient été faites pour mettre au point une machine pour nettoyer le coton, ces machines ont toujours exigé beaucoup de travail et n'étaient pas du tout efficaces.
En moins d'une semaine Whitney esquissa une égreneuse de coton et conçut un modèle fonctionnel en six mois. Son invention a permit d'enlever les graines mécaniquement des fibres de coton. Le coton était alimenté par des rouleaux, peignant les graines hors de la capsule de coton, extrayant ainsi un morceau de coton doux utilisable. La machine fut par la suite améliorée en étant mût par le cheval ou par des moulins à eau, réduisant d'autant plus le travail humain. Mulberry Manager offrit rapidement à Whitney de l'argent pour les droits de son invention. En fait ils constituèrent plutôt un partenariat.
Miller et Madame Catherine Greene pressaient Whitney de déposer un brevet de son invention. A cette époque les lois de brevet d'invention venaient juste d'être promulguées. Le brevet assurait que seul l'inventeur avait le droit de vendre l'invention.
Bien qu'Eli Whitney ait inventé le dispositif qui a amélioré l'économie américaine, il ne lui fut pas donné crédit de son invention jusqu'à ce qu'il ait pu finalement le faire breveter le 14 mars, 1794. En effet d'autres personnes avaient copier sa conception et la revendait et il ne pouvait pas prétendre être l'inventeur et le seul à la vendre puisque d'autres le faisaient aussi. Quand Whitney fut finalement reconnu, il fut récompensé par de grands honneurs et de richesse. Mais ses ennuis n'en finirent pas pour autant. Un feu détruisit l'atelier de Whitney ainsi que son outillage servant à fabrique l'égreneuse.
Fabricant d'armes
Éli Whitney essaye de vendre des machines, mais ses concurrents comprennent son principe et la concurrence le force à arrêter. 
En 1798, il met alors au point la chaîne de production qui sera connue comme le fordisme pour produire des mousquets que lui commande le gouvernement fédéral. Par ciontrat il devait prioduire industriellement 10.000 mousquets avec un nouveau procédé pour fabriquer les différentes parties interchangeables des armes. Une fois de plus les talents de mécanicien de Whitney le conduisirent à une innovation révolutionnaire; la fabrication de produits ayant des parties interchangeables devint un élément clé dans la production industrielle moderne.
Bien que le concept de parties interchangeables ne provienne pas de Whitney et ne se répandit pas jusqu'au développement plus tard de l'industrie de la machine outil, l'usine de Whitney à Mill Rock, près de New Haven au Connecticut, fut une des premières à utiliser la méthode avec succès. Whitney conçut et construisit la machinerie nécessaire et forma les travailleurs à son utilisation, tâches qui prenaient plus de temps que ce qu'il avait d'abord prévu. Mais, à la fin, il produisit les armes avec parties interchangeables. De nouveaux contrats avec le gouvernement fédéral et avec plusieurs États lui fournirent un nouveau travail et revenus à son usine d'armes.
Bien qu'il vécut à un moment de changements massifs politique et économique dans la nation, Whitney montra peu d'intérêt dans ses affaires, excepté à quelques occasions quand la politique affectait directement ses affaires. Il conserva peu du puritanisme religieux de son éducation et ne se sentit pas concerné par le ferment religieux dans la nation durant sa vie d'adulte. Il se consacra uniquement au travail de ses affaires et mourut riche.
L'entreprise prospère fut transmise à son fils puis à son petit-fils et fut finalement vendue à la "Winchester Arms Company".
L'égreneuse de coton s'est avérée être un des progrès technologiques les plus importants du 18ème siècle. Au sud, l'égreneuse de coton réduisit le travail par 50 sans supprimer d'emploi. Aux Etats-Unis, l'industrie du coton eut une croissance dramatique, tenant compte du commerce accru avec les pays étrangers et l'avance économique. Malheureusement la croissance de l'industrie du coton dans d'autres parties du pays a causé un besoin accru d'esclavage en Amérique.
Eli Whitney Jr, est le seul fils de Eli et Henrietta Edwards Whitney, il est né le 20 novembre 1820.
Eli Whitney est mort à New Haven le 8 janvier 1825.